Vermissen Sie Mac OS 9 Funktionen in Mac OS X? Lesen Sie Adams Auflistung von Mac OS X Werkzeugen, die Funktionen von Mac OS 9 imitieren. Mark Anbinder berichtet über die Ankündigungen von der Macworld in Tokio: einem 23" Monitor, einem 10 GB iPod, Bluetooth Unterstützung und iMac Preiserhöhungen. Dann bringt Gideon Greenspan einem Überblick über die Verwendung von Computern in der Biologie. Schließlich kommen zwei wichtige Mac OS X Veröffentlichungen: Retrospect 5.0 und Mailsmith 1.5.
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[Übersetzt von Gernot Hecht [GH] <gernot@wollemond.de>]
Retrospect 5.0 macht Backups von Mac OS X -- Dantz Development liefert Retrospect 5.0 aus, die sowohl auf Mac OS 9 wie Mac OS X läuft und beide Betriebssysteme sichern und wieder herstellen kann. Obwohl die Herkulesaufgabe, Backup und Wiederherstellung von Macs mit Mac OS X zu unterstützen, Dantz davon abhielt, signifikante neue Funktionen in Retrospect 5.0 aufzunehmen, enthält die neue Version willkommene Änderungen. File Backup Sets sind nicht mehr durch Einschränkungen der Länge von Ressourceteilen von Dateien beschränkt, so dass Sie wirklich Festplatten als Backupmedium nutzen können, Dateien mit mehr als 2 GB Größe können jetzt gesichert werden und mehr Backupgeräte werden jetzt unterstützt (einschließlich aller momentan lieferbaren, optischen Laufwerke von Apple). Retrospect wird in vier verschiedenen Versionen ausgeliefert, die jeweils unterschiedliche Fähigkeiten und Preise haben. Alle Versionen sind ab sofort von Dantz verfügbar; Wiederverkäufer sollten sie in kürze haben. Französische, Deutsch und Japanische Versionen sollen im zweiten Quartal 2002 erscheinen und internationale Anwender können von einer jetzt gekauften, englischen Version später kostenlos auf eine übersetzte Version aktualisieren. [ACE]
Mailsmith stößt zu den nativen E-Mailprogrammen hinzu Mac OS X Anwender auf der Suche nach einem leistungsfähigen E-Mailprogramm als Ersatz für das von Apple ausgelieferte Programm können jetzt Bare Bones Softwares Mailsmith 1.5 auf ihre Auswahlliste setzen. Neue Funktionen von Mailsmith 1.5 umfassen Filterdefinitionen in einem Schritt, Unterstützung für Entwurfsnachrichten, funktionierende Textübersetzung von HTML-Nachrichten, wechselnde Auswahl von Unterschriften, Anzeige von Bild- und Filmanhängen in Mailsmith, eine Glossar-Funktion für das schnelle Einfügen von häufig benutzten Textbausteinen, verbesserte Script- und Grep-Funktion, Tastaturkürzel für Scripte und mehr. Upgrades von früheren Versionen von Mailsmith kosten $ 40 (kostenlos für Kopien, die in 2002 gekauft wurden); das Programm wird für $ 100 verkauft, mit einem reduzierten Preis von $ 70 bis zum 31.05.2002, nachdem dieser Preis für registrierte Anwender von BBEdit, Emailer und Eudora auf $ 80 erhöht wird. Eine kostenlose Demo ist als 8,2 MB Download verfügbar. [ACE]
<http://www.barebones.com/products/mailsmith.html>
Palm Desktop 4.0 veröffentlicht -- Palm Inc. hat heute Palm Desktop 4.0 für Macintosh als kostenlosen Download verfügbar gemacht. Die neue Version bringt Kompatibilität mit Mac OS X, Unterstützung für als privat markierte Einträge und die Möglichkeit, vCard und vCal-Dateien zu importieren und exportieren (als schnelles Beispiel für die Verwendung von vCard können Sie einen Kontakt auf ein angeschlossenes iPos schieben, um die Adresse in die letzte Woche eingefügte Adressfunktion von iPod 1.1 aufzunehmen). Palm Desktop 4.0 ist ein 10 MB Download. [JLC]
<http://www.palm.com/software/desktop/mac.html>
TidBITS rückt in der Best of Mac Web Umfrage auf -- In der dritten Best of Mac Web Umfrage von der Low End Mac Webseite ist TidBITS vom fünften auf den dritten Platz aufgerückt. Wie das letzte Mal, kommen wir hinter VersionTracker und "As the Apple Turns". Wir haben es geschafft, MacSurfers Headline News und MacFixIt zu überholen, die auf den 10. Platz (Low End Mac spekulierten, dass dies an MacFixIts neuer Abo-Funktion liegt) fielen. Andere erwähnenswerte Änderungen sind der Wechsel von Mac Minute News vom 11. auf den 6. Platz und der Abstieg von "The Mac Show" vom 15. auf den 50. Platz nach dem Verlust von Shawn King, dessen neue "Your Mac Life Radio Show" auf den 18. Platz kam. Obwohl die Best of the Mac Web Umfrage ohne Frage ein reiner Popularitätswettbewerb ist, wird er mit jeder Umfrage interessanter. Dank an allen, die diesmal für uns gestimmt haben. [ACE]
<http://lowendmac.com/botmw/020321.html>
von Mark H. Anbinder <mha@tidbits.com>
[Übersetzung: Heinz Gnehm <gnehm@infotrax.ch>]
Apples Konzernchef Steve Jobs hat in der Eröffnungsrede anlässlich der Macworld Expo in Tokio zwei neue Produkte vorgestellt. Der 23-Zoll-Flachbildschirm namens Cinema HD Display mit einer Auflösung von 1920 x 1200 Pixeln ist ab nächstem Monat für 3'500 US$ erhältlich. (Der weiterhin erhältliche 22-Zoll-Flachbildschirm Cinema Display für 2'500 US$ kann nur 1600 x 1024 Pixel darstellen.) Das Unternehmen hat mitgeteilt, dass der Bildschirm die Bearbeitung von hochauflösenden Fernsehbildern nach dem HDTV-Standard (High Definition Televison) ermöglichen wird. Zur gleichen Zeit stellte Apple einen geräumigeren iPod vor, der für 500 US$ über eine 10-GByte-Festplatte verfügt und ab sofort erhältlich ist. Das ältere Modell mit einer 5-GByte-Festplatte wird weiterhin für 400 US$ verkauft. Für weitere 50 US$ kann das Gerät auf der Rückseite mit einer zweizeiligen, je 27 Zeichen umfassenden persönlichen Botschaft graviert werden.
<http://www.apple.com/displays/acd23/>
<http://www.apple.com/displays/acd22/>
<http://db.tidbits.com/getbits.acgi?tbart=06608>
Jobs hat ebenfalls die vorgesehene Unterstützung für Bluetooth vorgestellt. Die drahtlose Übertragungstechnik für kurze Distanzen soll elektronische Geräte wie Computer, Mobiltelefone und Handhelds miteinander verbinden. Jobs versprach eine Bluetooth-Lösung die einfach zu benutzen sei und immer funktionieren soll. Anfangs April 2002 sollen Anwender von Mac OS X die Software gratis von Apples Website herunterladen und mit dem D-Link USB-Bluetooth-Adapter verwenden können, der für 50 US$ in den Apple-Läden angeboten wird. Die Software von Apple soll andere Bluetooth-Geräte automatisch erkennen und sich mit ihnen verbinden können.
<http://www.apple.com/bluetooth/>
Am gleichen Anlass machte Jobs die überraschende Ankündigung, dass ab dem 21. März 2002 die Preise für iMacs mit Flachbildschirmen um 100 US$ angehoben werden müssen; Bestellungen vor diesem Datum werden noch zum alten Preis ausgeliefert. Der Grund für diese Preiserhöhung liegt in der gestiegenen Nachfrage nach Speicherbausteinen und Flachbildschirmen. Jobs verteidigte die Preiserhöhung damit, dass die schlechtere Alternative darin bestanden hätte, den Preis beizubehalten und dafür bei den Funktionen zu sparen. Angesichts der riesigen Nachfrage wird der höhere Preis dem Absatz des iMac nicht groß schaden: Apple hat mitgeteilt, dass seit Januar 2002 bereits 125'000 iMacs ausgeliefert wurden und zurzeit pro Tag 5'000 iMacs die Fabrik verlassen.
<http://www.apple.com/pr/library/2002/mar/20imac.html>
von Adam C. Engst <ace@tidbits.com>
[Übersetzung: Heinz Gnehm <gnehm@infotrax.ch>]
Jeder weiß, dass die für Apple bei weitem am wichtigste Gruppe sich aus einer Vielzahl von Entwicklern kleiner Hilfsprogramme zusammensetzt. Vor einigen Jahren stellte Apple fest, dass der Macintosh-Markt stagnierte, da jedes nur denkbare Hilfsprogramm bereits existierte. Drastische Wiederbelebungsversuche waren nötig und Apple ersetzte das klassische Mac OS mit dem auf NeXTstep basierenden Mac OS X. Damit verband Apple die Hoffnung, dass Macintosh-Entwickler Gelegenheit erhalten sollten, liebgewordene Funktionen von Mac OS 9 nachzubilden, die beschränkten Möglichkeiten von Mac OS X zu erweitern, Unix-Hacker auf die Macintosh-Seite zu ziehen und den sieben Entwicklern von NeXTstep-Hilfsprogrammen wieder eine Zukunftsperspektive zu geben.
Wenn wir den Sarkasmus einmal beiseite lassen, stellen wir fest, dass die Entwicklung von Hilfsprogrammen für Mac OS X in der letzten Zeit auf Hochtouren lief. Als Vorbereitung auf diesen Artikel haben wir uns an TidBITS-Talk für Empfehlungen gewandt und sind von den Rückmeldungen schier überwältigt worden. Wir haben deshalb beschlossen, gleich mehrere Artikel darüber zu veröffentlichen und der erste befasst sich damit, Funktionen von Mac OS 9 auch in Mac OS X zur Verfügung zu stellen. In den Diskussionen von TidBITS-Talk können Sie bereits einen Vorgeschmack auf die kommenden Artikel bekommen.
<http://db.tidbits.com/getbits.acgi?tlkthrd=1497+1600>
Ohne große Umschweife folgen jetzt die besten Hilfsprogramme zur Wiederherstellung von Mac OS 9-Funktionen unter Mac OS X. Bedenken Sie bitte, dass es sich hier nicht um vollständige Testberichte handelt, wir hatten schlicht nicht genügend Zeit, um alle Programme intensiv auszutesten. Wenn wir Ihren Favoriten vergessen haben sollten, können Sie Ihre Empfehlung über TidBITS-Talk abgeben.
WindowsShade X -- Die WindowShade-Funktion ist seit Mac OS 7.5 Bestandteil des Betriebssystems, basiert aber auf einem unabhängigen Kontrollfeld für System 6 von Robert Johnson. Mit einem Doppelklick auf die Titelzeile eines Fensters oder einem Klick auf den Knopf in der rechten oberen Ecke wird das Fenster in die Titelzeile "aufgerollt". Die Titelzeile kann weiterhin beliebig auf dem Bildschirm platziert werden, benötigt aber nicht mehr so viel Platz. Mac OS X hat diese Möglichkeit zugunsten der minimierten Fenster im Dock aufgegeben. Leider füllt sich dabei das Dock recht schnell auf und man kann die verkleinerten Fensteransichten auch nicht gut voneinander unterscheiden. Mit WindowShade X von Unsanity erhält man diese Funktion aber wieder zurück und dazu noch viel mehr. Es gibt vier Möglichkeiten, WindowShade X einzuschalten (Klick auf den Verkleinern-Knopf, Doppelklick auf die Titelzeile, Doppelklick und gleichzeitiges Festhalten der Ctrl-Taste oder Drücken der Tastenkombination Befehl-M) und jede Methode kann das Fenster in das Dock bringen, den Inhalt in die Titelzeile aufrollen, das Fenster transparent machen oder die Anwendung verstecken. Obwohl man den Grad der Transparenz festlegen kann, finde ich diese Möglichkeit wie sowieso alle transparenten Funktionen in Mac OS X unnötig ärgerlich. WindowShade X ist Shareware, kostet 7 US$ und ist 374 KBytes groß.
<http://www.unsanity.com/haxies.php>
ASM & X-Assist -- In Mac OS X versuchte Apple, zu viele Funktionen in das Dock zu verpacken und es dient heute als Startmenü, Liste der laufenden Anwendungen und einiges mehr. Mac OS 9 hat all diese Funktionen einzeln bereitgestellt und besonders die Liste der laufenden Programme war immer im Anwendungsmenü in der Menüzeile zu finden. In Mac OS X nehmen die Uhr und andere Funktionen diesen Platz in Anspruch, zumindest bis sie entweder ASM oder X-Assist installieren, die beide das Anwendungsmenü wieder in der rechten oberen Ecke darstellen. In den Einstellungen von ASM kann man festlegen, ob das Menü als Symbol oder mit einem Titel oder mit beidem angezeigt werden soll und wie viel Platz das Menü zur Verfügung hat. Weitere Einstellungen definieren, wie der Inhalt des Menüs dargestellt wird, welche Spezialbefehle sichtbar sind (so zum Anzeigen und Verstecken von Anwendungen) und so weiter. Am wichtigsten ist die Möglichkeit, zum Fenstermodus von Mac OS 9 zurückzukehren, in dem alle Fenster eines Programms zusammengehören und mit einem Klick auf das Programm alle Fenster sofort sichtbar werden (in Mac OS X passiert das nur wenn man das Symbol im Dock anklickt oder mit der Tastenkombination Befehl-Tabulator zwischen den Anwendungen umschaltet). ASM bietet ebenfalls einen "Single Application Mode", in dem nur die Fenster der gerade aktiven Anwendung sichtbar sind. X-Assist besitzt ähnliche Funktionen wie ASM und bietet auch noch zwei neue an: ein benutzerdefinierbares hierarchisches Menü von Dateien, Ordnern und Volumes (ähnlich wie im Apfelmenü von Mac OS 9) und Unterstützung von Plug-Ins für spezielle Funktionen (mit den mitgelieferten Beispielen kann man die Lautstärke anpassen und MP3-Dateien abspielen). Obwohl beide zufriedenstellend arbeiten, haben einige Leute darauf hingewiesen, dass ASM stabiler läuft. Frank Vercruesse, der Autor von ASM bittet um Spenden, wenn Ihnen ASM zusagt. Die Version 2.0.2 ist 354 KByte groß. X-Assist ist gratis und 291 KByte groß.
<http://members.ozemail.com.au/~pli/x-assist/>
FruitMenu & Classic Menu -- Das Apfelmenü war jahrelang ein Fixpunkt von Mac OS und obwohl Apple es in Mac OS X beibehalten hat, ist es nur noch ein Schatten seiner selbst. Zwei Hilfsprogramme, Classic Menu von Sig Software und FruitMenu von Unsanity lassen deshalb die alte Zeit wieder aufleben. Classic Menu ist das einfachere der beiden; es stellt einfach den Inhalt des Ordners "Classic Menu Items" innerhalb des Preferences-Ordners im Library-Ordner dar. Bevölkern Sie es mit Alias-Dateien auf Dateien, Ordner und Volumes und Sie erhalten in etwa das gleiche wie beim alten Apfelmenü. Andere hilfreiche Menüeinträge legen einen Alias des ausgewählten Objekts im Ordner "Classic Menu Items" ab, öffnen diesen Ordner im Finder und lassen die Wahl eines anderen Ordners zu. Das normale Apfel-Menü von Mac OS X (mit so nützlichen Kommandos wie Ausloggen und Neustart) kann weiterhin aufgerufen werden, wenn man direkt neben das Apfel-Symbol klickt. FruitMenu bietet die gleichen Funktionen wie Classic Menu, ähnelt aber mehr dem Programm Action Menus von Power On Software und bietet auch die Möglichkeit, die Einträge in eine bestimmte Reihenfolge zu bringen und bietet Funktionen, die sonst nicht einfach zugänglich sind wie etwa die aktuelle IP-Adresse. FruitMenu wirkt deshalb etwas leistungsfähiger und kostet nur 7 US$, während Classic Menu mit 10 US$ zu Buche schlägt. FruitMenu 1.5.2 ist 481 KByte groß, Classic Menu nur gerade 43 KByte.
<http://www.unsanity.com/haxies.php>
<http://www.sigsoftware.com/classicmenu/>
SharePoints -- In Mac OS 9 konnte man jeden beliebigen Ordner freigeben und Benutzer und Gruppen definieren, die Zugriff auf diesen Ordner haben sollten. Diese Funktionen sind in Mac OS X zwar weiterhin vorhanden, waren aber bis zum Auftauchen von SharePoints nicht so einfach zu benutzen. SharePoints arbeitet entweder als eigene Anwendung oder als Kontrollfeld und bietet die Möglichkeit, jeden Ordner freizugeben und Benutzer mit bestimmten Zugriffsrechten zu definieren (die Benutzer bekommen aber kein eigenes Stammverzeichnis und können sich auch nicht via Telnet oder SSH einloggen). Als kleiner Bonus ist es auch möglich, beim Verbinden mit einem freigegebenen Ordner eine kurze Mitteilung anzuzeigen. Wenn Sie SharePoints mögen, bittet der Autor um eine kleine Spende. SharePoints 2.0.4 ist 824 KByte groß.
<http://homepage.mac.com/mhorn/>
Xounds -- Obwohl Apple bei der Ton-Untermalung im Finder nur wenig geleistet hat, waren die Toneffekte des Kontrollfelds Erscheinungsbild doch sehr wirkungsvoll und haben der Benutzeroberfläche eine weitere Dimension hinzugefügt. Die Töne sind in Mac OS X ganz verschwunden, Xound von Unsanity kann die meisten davon aber wieder zum Leben erwecken. Xounds bietet die Möglichkeit an, bestehende Sound-Sets zu importieren (allerdings führte der Import eines solchen Sets und das anschließende Umschalten zwischen diesem Set und dem Standard-Set von Mac OS 9 zu einem Absturz und ich musste Xounds neu installieren) und verhält sich ansonsten gleich wie das Kontrollfeld unter Mac OS 9. Man kann Toneffekte für Menüs, Fenster, Kontrollelemente und den Finder auswählen. Xounds 1.1.2 ist 384 KByte groß, kostet 7 US$ und läuft ohne Registrierung nur gerade eine Stunde lang.
<http://www.unsanity.com/haxies.php>
Als nächstes -- Bitte vergessen Sie nicht, dass die oben erwähnten Hilfsprogramme nur dazu dienen, bereits bestehende Funktionen aus Mac OS 9 in Mac OS X nachzubilden. In weiteren Artikeln werde ich Programme vorstellen, die die Möglichkeiten von Mac OS X in sinnvoller Weise ergänzen oder den Unix-Unterbau von Mac OS X auch unter der Benutzeroberfläche Aqua zugänglich machen.
von Gideon Greenspan <gdg@sigsoftware.com>
[Übersetzer Walter Sonnenberg [ws] <dr.w.sonnenberg@t-online.de>]
Wer von uns auch nur zeitweise Interesse an Wissenschaft hat, kennt die zentrale Rolle von Computern beim Verstehen von Physik und Chemie, besonders in rechenintensiven Anwendungen wie Wettervorhersage oder Visualisierung von Molekülstrukturen. In den letzten Jahren hat sich ein neues Anwendungsfeld entwickelt und hat Medieninteresse auf sich gezogen. Es dreht sich um die sogenannte Rechnerbiologie (oder mit einem Schlagwort die Bioinformatik) und arbeitet mit digitalen Speichermedien, Kategorisierungen und der Analyse biologischer Daten.
Wenn Ihr letzter Kontakt mit Biologie auf der Oberschule stattfand, mag es Sie überraschen, dass eine Verbindung zur Rechnertechnologie existiert. Auch wenn mich dies fasziniert hat, weiß ich doch, dass die Biologie nie eine solche exakte Wissenschaft war wie andere Wissenschaften, die auf dem Stundenplan auftauchen. Einige Zellen verhalten sich so, andere weichen davon ab und verschiedene Organismen zeigen sehr merkwürdige Verhaltensweisen besonders wenn sie durch überbegeisterte Schulkinder analysiert werden. Aber es gibt wenige universelle Naturgesetze in der Biologie wie etwa Newtons Gleichungen oder das periodische System der Elemente.
Leben digitalisieren -- Dank intensiver Molekularbiologie kennt man mittlerweile die Grundlagen der Biologie. Ein kleiner Überblick der Grundzüge sollte einen Begriff von den Ausmaßen der Bioinformatik machen - behalten Sie bitte im Gedächtnis, dass wir die Natur in ihrer vollen Komplexität erfassen wollen, alles folgende ist stark vereinfacht dargestellt.
Wir wissen, dass Leben auf langen Molekülketten vorprogrammiert ist, die sich DNA nennen, die in jeder Zelle eines lebenden Organismus wie etwa Menschen zu finden sind. Alles Geschehen lässt sich auf die DNA zurückführen - ähnlich wie beim Computer auf seine Festplatte. Beim Menschen enthält jede Zelle 46 verschiedene DNA-Moleküle, die man Chromosomen nennt, die ihr Äquivalent etwa in den Partitionen einer Festplatte finden. Ihre Chromosomen enthalten eine Mischung des Erbmaterials Ihrer Eltern, worauf zurückzuführen ist, dass Sie von Ihnen so viele Charaktermerkmale ererbt haben.
Jedes DNA-Molekül besteht aus einer Sequenz miteinander verbundener Nukleotiden, die sich in langen Ketten bis zu mehreren Millionen zusammenbinden. Es gibt nur vier mögliche Nukleotiden, so dass jede DNA durch eine Sequenz von nur vier Buchstaben beschrieben werden kann. Daran setzt die Digitalisierung an - die Gesamtheit der Chromosomen eines Menschen kann in einem Speicher von wenigen Gigabyte (nach einer Kompression noch weniger) beschrieben werden und man kann eine solche Beschreibung auf Ihren Computer laden.
<ftp://ncbi.nlm.nih.gov/genomes/H_sapiens/>
Nach heutigem Wissen ist nur ein Teil Ihrer DNA wirklich notwendig - die anderen 98 Prozent oder ähnlich bestehen aus "Müll". Die bedeutsamen Teile, man spricht von Genen, verteilen sich auf wenige Stränge Ihrer Chromosomen (Sie können diese wie fragmentierte Programmdateien betrachten). Es kann durchaus schwer sein, diese Sequenzen zu lokalisieren - derzeit kennt man ungefähr 15000 menschliche Gene, die Wissenschaftler diskutieren immer noch über die wirkliche Anzahl - die meisten Schätzungen bewegen sich um 30000, es gibt sogar Wetten, in denen Ihre Schätzung noch eingebracht werden kann.
<http://www.ensembl.org/Genesweep/>
Die Gene sind sehr interessant, weil unsere Zellen sie in andere Moleküle umsetzen, die man Proteine nennt. Diese Proteine leisten wirklich Arbeit für den Organismus und lassen sich mit laufenden Programmen vergleichen. Auch ein Protein enthält eine Kette von Aminosäuren wie ähnlich Nukleotiden die DNA aufbauen. Anders als DNA sind Proteine aber aus 20 verschiedenen Aminosäuren aufgebaut und enthalten selten mehr als wenige Tausend Kettenglieder. Diese Proteinketten sind ein anderer Forschungsgegenstand der Bioinformatik.
Was ermöglicht nun den Proteinen ihre Arbeit zu tun: Zellen aufbauen, Materialien transportieren, Signale senden und die Energie der Zellen zu verwalten? Wenn die Proteine in das Innere einer Zelle entlassen werden, falten sie sich und bilden verschiedene Formen, die ihnen ermöglichen, sich mit anderen Molekülen und Proteinen zu verbinden und eine große Anzahl chemischer Reaktionen als Katalysatoren zu steuern. Das Ermitteln der Gestalt, in die sich ein Protein faltet, bildet ein besonders schweres Problem. Zwischen verschiedenen Forschungsgruppen auf der ganzen Welt gibt es einen Wettbewerb mit Namen CASP (Critical Assessment of Techniques for Protein Structure Prediction), der über zwei Jahre läuft, und IBM arbeitet an einen sehr schnellen Computer, der bei diesem Problem eingesetzt werden soll - man hofft damit etwa ein Protein pro Jahr entschlüsseln zu können.
<http://predictioncenter.llnl.gov/>
<http://www.research.ibm.com/bluegene/>
Noch einmal - dieser Überblick schildert nur die Grundlagen, wenn Sie mehr Informationen über molekulare Genetik erfahren möchten, finden Sie eine schöne Einführung beim amerikanischen Human Genome Project:
<http://www.ornl.gov/hgmis/publicat/primer/toc.html>
Offene Quelle - der Mensch -- Nach dieser grundlegenden Einführung in die Biologie wollen wir etwas über die reale Welt ergänzen. Eine Anwendung der Bioinformatik, von der Sie gewiss schon gehört haben, ist das Human Genome Project. Es hat das scheinbar einfache Ziel, die etwa drei Millionen Nukleotiden zu bestimmen, aus denen die menschlichen Chromosomen aufgebaut sind. Das ist deswegen möglich, weil alle Menschen, obwohl sie sich in einzelnen Punkten unterscheiden, zu etwa 99,9 Prozent identische DNA aufweisen. Wenn Ihnen dies unheimlich ist (oder Sie auch inspiriert), sollten Sie auch daran denken, dass das nächste Tier im Zoo zu 99 Prozent mit der Ihren gleiche DNA aufweist.
Die Diskussionen zum Genome Project begannen 1984, aber erst 1995 konnte eine ernsthafte Arbeit daran aufgenommen werden, die durch internationale Zusammenarbeit von Instituten in den Vereinigten Staaten, dem britischen Königreich, Frankreich, Japan, Deutschland und China erbracht wird. Das öffentliche Projekt zeigte bis etwa 1999 nur bescheidene Fortschritte bis das private Unternehmen Celera Genomics dazustieß. Man brachte eine verbesserte Experimentiertechnologie mit und viel Rechnerkapazität. Celera versprach, ihren ersten Entwurf in diesem Jahr fertigzustellen. Nach verschiedenen politischen Streitereien wurden zwei Gruppen gebildet, deren Resultate im Februar 2001 veröffentlicht wurden.
Was hat das alles mit Bioinformatik zu tun? Vorerst waren Computer vonnöten, um die erforschten Sequenzen zu dokumentieren und zu indizieren und den Zugriff darauf übers Internet zu ermöglichen. Aber die reale algorithmische Herausforderung ergibt sich aus der Art und Weise, wie die Sequenzen codiert werden. In der Biologie gibt es keinen Debugger, für den man die Struktur der Zellen einfriert und in der man dann herumstochern könnte, um seine Beobachtungen und experimentellen Änderungen einzubringen. Man muss eine clevere Serie von Manipulationsschritten ermitteln, um zu den gewünschten Informationen überhaupt einen Zugang zu erhalten.
An jedem DNA-Molekül kann mit heutiger Labortechnik etwa nur die Sequenz der ersten 1000 Nukleotiden bestimmt werden. Für längere Sequenzen muss man zuerst Kopien der zu untersuchenden DNA anfertigen und davon zufällige Bruchteile erstellen, die jeweils einzeln ausgelesen werden können. Die ursprüngliche Reihenfolge der Bruchstücke geht verloren, nach ihrer Bestimmung muss deswegen die ursprüngliche Anordnung rekonstruiert werden. Man kann das mit der Rekonstruktion eines Lexikons aus geschredderten Fotokopien des Originals vergleichen - man hat eine riesige Anzahl von Rekombinationsmöglichkeiten. Sie können also vergessen, durch Handarbeit einen signifikanten Beitrag leisten zu können. Allein der Entwurf von Celera erforderte eine Woche Laufzeit eines Feldrechners mit 56 Prozessoren, der über 100 GB Hauptspeicher besitzt.
Das Human Genome Project ist ein klassisches Beispiel eines Problems der Bioinformatik und die Wissenschaftler hoffen, dass es viele praktische Auswirkungen haben wird. Ein direkter Nutzen des Projekts macht sich in der Entwicklung neuer Medikamente bemerkbar, indem Forscher die als potentielle Angriffspunkte dienenden Gene besser auswählen können. Man kann auch erwarten, dass sich bessere Möglichkeiten zur Gesundheitsvorsorge ergeben, weil genetische Ähnlichkeiten zwischen verschiedenen Individuen - Menschen und Tieren mit verwandten Krankheitsbildern oder Reaktionen bei Behandlungen beobachtet werden.
In der weiteren Zukunft öffnet sich die Möglichkeit zur Behebung bisher nicht behandelbarer Krankheiten und zur Optimierung der eigenen DNA. Natürlich ergeben sich auch entmutigende ethische Konsequenzen und die Auffassung von menschlicher Existenz muss revidiert werden. Gleichzeitig ist dies ein Gebiet, auf dem die Bioinformatik ihre Stärken demonstrieren kann: Speicherung, Kategorieneinteilung und Datenanalyse versprechen den Menschen bessere Informationen zu liefern, besonders auch zur Entscheidung ethischer Fragen.
Apples Wachstum [Wortspiel, auch Wachstum von Äpfeln -- ws] -- So interessant die oben dargestellten Fakten sind, werden Sie fragen, was Bioinformatik mit Macintoshs zu tun hat. Macs sind im Projekt derzeit stark vertreten und werden das wohl auch in der Zukunft sein. Vor allem gibt es auf dem Gebiet der Bioinformatik, wie auf allen Sektoren mit selbstständig
denkenden Menschen, in der wissenschaftlichen Welt einen hohen Anteil an Mac-Benutzern. Das war in der Biologie besonders stark ausgeprägt, wo mächtige Grafikwerkzeuge eine entscheidende Rolle für die Akzeptanz der Rechner gespielt haben.
Aber noch vor kurzem hatte der Mac eine kritische Beschränkung in seiner langzeitigen Nutzbarkeit, dass nämlich in der Bioinformatik hauptsächlich Rechner auf UNIX-Basis eingesetzt werden. Das wiederum beruht auf der großen Anzahl kostenlos verfügbarer, zuverlässiger Hilfsprogramme wie Perl und Grep, die die effektive Bearbeitung großer textorientierter Datenmengen ermöglichen. Zudem laufen viele Anwendungen beim Rechnereinsatz in der Biologie über das Internet, weil diese Aktivitäten sich gleichzeitig mit der Entwicklung
des Netzes seit etwa 1995 entwickelt haben. Die robuste Implementierung des TCP/IP-Konzeptes in UNIX in Verbindung mit dem kostenlosen Apache Serverprogramm machen das System für netzbasierte Dienste zu einer idealen Plattform. Einen Überblick über die verfügbaren Dienste erhalten Sie vom American National Center for Biotechnology Information:
<http://www.ncbi.nlm.nih.gov/>
Es sollte Ihnen klar sein, wohin uns das führt: Mac OS X wird bald das Standardbetriebssystem für alle Mac-Rechner sein und basiert nicht nur auf UNIX sondern bietet auch die volle Unterstützung aller aus UNIX stammenden Hilfsprogramme - Perl, Grep und Apache gehören dazu. Allein dadurch ist dies System noch nicht besser als die UNIX-Plattform. Aber unter dem Gesichtspunkt, dass es eine moderne Benutzeroberfläche enthält und Standardanwendungen wie Microsoft Office und moderne Webbrowser darunter laufen, fällt es leicht zu begreifen, dass Mac OS X ein natürlicher Kandidat für Server und Schreibtischrechner in der Bioinformatik ist. Dies kann man an verschiedenen Stellen nachlesen, auch in einem Netzwerk-Artikel bei O'Reilly und einem Artikel über aktuelle Standpunkte von Apple. Es zeigt sich auch, dass dies mehr als Wunschdenken ist: Genentech, die jüngst 1000 neue iMacs kaufte (der Vorstandsvorsitzende ist auch Aufsichtsratsmitglied bei Apple) ist ein Mitbegründer der Biotechnologie Industrie.
<http://www.oreillynet.com/pub/a/mac/2001/12/14/macbio.html>
<http://www.apple.com/scitech/stories/osxporting/>
Ein weiterer Vorteil der Macs ist der PowerPC G4 Prozessor mit der Velocity Engine CPU, er ist für viele Berechnungen der Biotechnologie ideal. BLAST (Kurzform für Basic Alignment Search Tool) ist wohl das am weitesten verbreitete Programm der Bioinformatik. Mit ihm werden die DNA- oder Protein- Sequenzen zur Suche nach bekannten ähnlichen Molekülen untersucht, die gleichen Ursprung in der Evolution oder biologischen Funktion haben könnten. Die Advanced Computation Group bei Apple hat in Zusammenarbeit mit anderen Gruppen eine Variante von BLAST entwickelt, die sich durch hohe Rechengeschwindigkeit auszeichnet und die einen Dual-Prozessor G4 mit 1 GHz-CPUs bis zu fünfmal schneller macht als einen PC mit einem mit 2 GHz getakteten Pentium 4-Prozessor macht. Schnelle BLAST-Suchen sind für heutige Biologen entscheidend.
<http://www.apple.com/pr/library/2002/feb/07blast.html>
Ein Versuch zuhause -- Alle Mac-Benutzer können wenigstens auf folgende Weise mit rechnergestützter Biologie in Berührung kommen. Folding@Home ist ein Projekt wie das Suchprogramm SETI@home der U.C. Berkeley, mit dem man nach außerirdischen Signalen sucht, das Sie an der Berechnung physikalischer Strukturen von Proteinsequenzen teilhaben lässt. Folding@Home stellt ein Mac OS X Programm, das als Bildschirmschoner und Anwendung jetzt einsatzbereit ist und eine Echtzeitdarstellung der analysierten Molekülstrukturen bietet.
<http://folding.stanford.edu/>
<http://db.tidbits.com/getbits.acgi?tbart=05401>
Daneben wird für Sie die Bioinformatik ein ferner Bereich bleiben, wenn Sie nicht gerade in Forschung oder rechnergestützter Biologie arbeiten. Erwarten Sie aber nicht, dass dies so bleibt - wenn sich die Versprechungen dieses Feldes auch nur teilweise erfüllen, werden sich Auswirkungen auch auf Ihr tägliches Leben ergeben.
<http://www.ornl.gov/hgmis/education/education.html>
<http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Education/>
<http://dmoz.org/Science/Biology/Bioinformatics/Education/>
[In seinem ersten Leben ist Gideon Greenspan die Person hinter Sig Software, die Shareware für Macintosh-Rechner entwickelt wie Drop Drawers, Classic Menu, Email Effects und NameCleaner. Im anderen Leben ist er Doktorand der Bioinformatik am Computer Science Department der Technion Universität in Israel. Er hofft, einmal diese Zweigleisigkeit aufgeben zu können.]
Koordination: Gernot Hecht [GH] <gernot@wollemond.de>.
Copyright der deutschen Ausgabe: Gernot Hecht [GH] <gernot@wollemond.de>.
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