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TidBITS#622/25-Mar-02

Les sensations que vous aviez sous MacOS 9 vous manquent maintenant que vous vivez avec MacOS X ? Allez donc voir ce qu'Adam vous a déniché comme utilitaires MacOS X qui vous redonneront ce que vous aimiez dans MacOS 9. Mark Anbinder nous commente les annonces d'Apple à Macworld Tokyo : un écran à cristaux liquides de 23 pouces, un iPod à 10 Go, l'adoption de la technologie Bluetooth, et des augmentations de prix pour l'iMac. Puis, Gideon Greenspan nous raconte comment on utilise des ordinateurs en biologie. Enfin, deux importantes nouveautés conclueront ce numéro : Retrospect 5.0 et Mailsmith 1.5 passent sous MacOS X.

Sommaire :

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Ce numéro est traduit de l'américain par l'équipe de traducteurs bénévoles de TidBITS-FR.

NOUS CHERCHONS DES TRADUCTEURS ! ! ! ! ! Ça ne vous prendra que 20 minutes par semaine, vous permettra d'améliorer votre anglais et d'augmenter votre Karma Macintoshien ! Venez rejoindre une bande de joyeux drilles amateurs de bonnes bouffes, bons vins et discussions éclairées ! Jettez un coup d'oeil aux consignes de traduction et contactez le coordinateur de la traduction : Grégoire Seither.

MailBITS/25-Mar-02

Il était temps ! Retrospect 5.0 sauve(garde) MacOS X. -- Dantz Development sort enfin Retrospect 5.0, qui tourne sous MacOS 9 comme sous MacOS X et sait désormais faire des sauvegardes de ces deux systèmes. Il est bien évident que la tâche herculéenne qu'a représenté la mise en compatibilité de Retrospect avec MacOS X afin de permettre une restauration totale du système depuis une sauvegarde n'a pas trop laissé le temps aux développeurs de Dantz d'ajouter des fonctionnalités majeures à Retrospect 5.0. Néanmoins quelques unes des améliorations sont les bienvenues. La taille d'un ensemble de sauvegardes (Sets) n'est plus limitée par la capacité maximale d'une plage de ressources, vous pouvez donc enfin utiliser de manière efficace des disques durs comme supports de sauvegarde. Les fichiers plus grands que 2 Go sont désormais reconnus et peuvent être sauvegardés. Enfin, la gammme de lecteurs et graveurs compatibles à été étendue et inclut désormais la totalité des nouveaux graveurs livrés avec les dernières machines Apple. Retrospect est vendu en quatre versions différentes, chacune dotée de fonctionnalités spécifiques - et d'un prix différent. Toutes les versions sont téléchargeables immédiatement depuis le site de Dantz ; les revendeurs de logiciels devraient les recevoir sous peu. Des versions localisées en Français, Allemand et Japonais devraient sortir au deuxième semestre 2002. Si vous êtes un utilisateur non anglophone vous pouvez néanmoins acheter la version anglaise maintenant, vous pourrez faire la mise à jour gratuitement vers la version localisée dès que celle-ci sera disponible. [ACE]

http://www.dantz.com/

Mailsmith passe en natif sous MacOS X. -- Vous êtes un utilisateur de MacOS X et vous cherchez un puissant gestionnaire de courrier électronique pour remplacer le canard boiteux qu'Apple vous fournit avec son OS ? Vous pouvez désormais vous tourner vers Bare Bones Software dont le logiciel Mailsmith 1.5 vient de passer en mode "natif" sous MacOS X. Parmi les nouvelles fonctions de Mailsmith 1.5 on notera un assistant de création de filtres simplifié, la gestion des messages en attente et des brouillons, une conversion à la volée de messages au format HTML en format texte, la possibilité d'afficher des signatures aléatoires, l'affichage d'images et de séquences vidéo dans la fenêtre de message Mailsmith, une fonction Glossaire qui permet d'appeler automatiquement des bouts de texte fréquemment utilisés, des modèles de messages, etc... enfin la capacité de piloter le logiciel par le biais de scripts ou de combinaisons de touches clavier ainsi que les fonctions de tri selon la syntaxe GREP ont été grandement améliorés. Les mises à jour depuis une ancienne version de Mailsmith coûtent 40 US$ (elles sont gratuites si vous avez acheté votre logiciel en 2002) ; le prix neuf du logiciel est de 100 US$. Attention, offre spéciale, si vous l'achetez avant le 31 mai 2002, il ne vous en coûtera que 70 US$... et si vous avez déjà acheté BBEdit, Emailer, ou Eudora vous ne payez que 80 US$. Une version de démonstration gratuite est également disponible sous la forme d'un fichier de 8,2 Mo à télécharger. [ACE]

http://www.barebones .com/products/mailsmith.html

Mise à jour Palm Desktop 4.0. -- Palm, Inc. met à disposition dès aujourd'hui et en téléchargement gratuit la version 4.0 de PalmDesktop. Cette nouvelle version comprend la compatibilité MacOS X, la possibilité de masquer des enregistrements personnels, et la possibilité d'envoyer des cartes de visite ou des rendez-vous électroniques en tant que fichiers vCard et vCal. Un exemple d'utilisation de cartes de visites virtuelles : glisser la barre de titre de l'icône d'un contact directement dans le dossier contacts d'un iPod suffit à ajouter cette adresse au carnet d'adresses rudimentaire inclus dans la version 1.1 du logiciel iPod sorti la semaine dernière. Palm Desktop 4.0 représente 10 Mo de téléchargement.

http://www.palm.com/sof tware/desktop/mac.html

TidBITS en hausse sur Mac Web Survey. -- Dans la partie "Best of the Mac Web survey" (la cote des utilisateurs) du site Low End Mac, TidBITS est passé de la cinquième à la troisième place. Comme la dernière fois, nous sommes derrière VersionTracker et As the Apple turns, mais dans cette livraison du sondage, nous avons dépasssé MacSurfer's Headline News et MacFixIt, tombé à la dixième position (sur Low End Mac on pense que cette chute est due au nouveau mode d'inscription sur MacFixit). D'autres changements notables : le site d'infos de Mac Minute qui grimpe de la onzième à la sixième place, et la chute de Mac Show, qui s'effondre de la quinzième à la cinquantième position après le départ de Shawn King, dont le site de radio, Your MacLife, se classe dix-huitième. Bien que les sondages de Best of the Mac Web ne soient pas ce qu'il y a de plus populaires, plus souvent il y en aura, plus l'étude de l'évolution entre les uns et les autres sera intéressante. Merci à tous ceux qui ont voté pour cette enquête.  ![ACE]

http://lowendmac.com/botmw/020 321.html

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Nouvel écran Cinéma, iPod, Bluetooth, et les prix des iMac

by Mark H. Anbinder mha@tidbits.com

La semaine dernière, Steve Jobs, le PDG d'Apple, a dévoilé deux nouveaux produits lors de sa conférence inaugurale (c'est comme ça qu'on appelle effectueusement la keynote, NdT) de la MacWorld Expo de Tokyo. Un nouvel écran Apple Cinéma HD de 23 pouces, avec une résolution de 1 920 x 1 200 pixels, rejoint les écrans plats LCD existants de la compagnie et sera vendu pour 3500 US$ quand il sera disponible le mois prochain (par contraste, l'écran cinéma 22 pouces, toujours disponible pour 2 500 US$, ne délivre qu'une résolution de 1 600 x 1 024 pixels). Selon Apple, la résolution du nouvel écran permettra d'éditer de la vidéo pour TVHD (la télévision haute définition) "avec de l'espace préservé". Dans le même temps, Apple introduit un iPod avec de plus grandes capacités, une version à 500 US$ du lecteur MP3 portable avec un disque dur interne de 10 Go, disponible immédiatement. Le modèle existant à 5 Go est disponible à 400 US$. Pour 50 US$ de plus, chaque modèle peut être personnalisé sur l'Apple Store, avec deux lignes de texte gravées au laser, contenant jusqu'à 27  aractères chacune.

http://www.apple.com/displays/ac d23/
http://www.apple.com/displays/ac d22/
http://www.apple.com/ipod/
http://db.tidbits.com/ getbits.acgi?tbart=06608

Jobs a aussi annoncé la gestion prochaine de Blutooth par Apple. La technologie de communication sans fil à courte distance a pour but de relier des machines électroniques personnelles telles que des ordinateurs, des téléphones portables, des organiseurs de poches lorsqu'ils sont proches les uns des autres. Promettant "une solution Bluetooth qui fonctionne vraiment et qui soit facile à utiliser", Jobs a ajouté que début avril 2002, les utilisateurs de MacOS X auront la possibilité de télécharger sur le site Web d'Apple, une version prévisionnelle d'un logiciel pour l'adaptateur USB-Bluetooth D-Link, lui-même offert sur l'Apple Store pour 50 US$. Le logiciel Bluetooth d'Apple reconnaîtra automatiquement d'autres appareils Bluetooth qui seront à portée et permettra de s'y connecter.

http://www.apple.com/bluetooth/
http://www.bluetooth.com/

Lors du même événement, Jobs créa la surprise en annonçant, qu'à la date du 21 mars 2002, le prix des configurations d'iMac à écran plat avait augmenté de 100$, les commandes passées avant cette date étant honorées au prix en vigueur au moment de la commande. Rappelant l'augmentation du prix des composants pour les mémoires et les écrans plats, Jobs a défendu cette hausse des prix, meilleure alternative au maintien du prix original avec réduction des caractéristiques. Etant donné la demande pour le nouvel iMac, nous ne considérons pas l'augmentation du prix comme dangereux pour le produit : Apple dit qu'il a livré 125 000 nouveaux iMacs depuis l'introduction du modèle en janvier et qu'il livre maintenant 5 000 iMacs par jour.

http://www.apple .com/pr/library/2002/mar/20imac.html

Top des utilitaires pour MacOS X : Retrouver les fonctionnalités de MacOS 9

by Adam C. Engst ace@tidbits.com

Tout le monde sait que le groupe de loin le plus important pour Apple est constitué des développeurs de petits utilitaires. Il y a plusieurs années, Apple disait que le marché du Mac stagnait parce que presque tous les utilitaires concevables avaient déjà été développés. Réalisant que des mesures de résurrection étaient devenues nécessaires, Apple a évolué rapidement pour remplacer MacOS par MacOS X basé sur NeXTstep, espérant ainsi donner aux développeurs l'opportunité de restaurer sur MacOS X et ses futures extensions d'interface, les fonctionnalités de MacOS 9, attirant ainsi les gourous d'Unix dans le camp Mac et créant un marché pour tous les développeurs d'utilitaires NeXT.

Sarcasme mis à part, le nombre d'utilitaires disponibles pour MacOS X a effectivement essaimé tardivement. En préparant cet article, nous nous sommes tournés vers TidBITS Talk pour des recommandations, et la réponse a été chaleureuse - si bien que nous avons décidés de publier une série d'articles sur le sujet ; celui-ci sera centré sur les utilitaires qui redonnent à MacOS X des fonctionnalités de MacOS 9. Lisez les discussions qui ont lieu sur TidBITS Talk pour une vision non filtrée de ce qui est en train d'arriver.

http://db.tidbit s.com/getbits.acgi?tlkthrd=1497+1600

Sans plus de cérémonie, voici les meilleurs utiliaires pour redonner à MacOS X les fonctionnalités de MacOS 9, notez cependant que ceci ne veut pas être une revue détaillée, nous n'avons tout simplement pas assez d'expérience avec chaque utilitaire. Si nous avons oublié votre utilitaire favori, signalez-le dans dans TidBITS Talk.

WindowShade X. -- la fonctionnalité de réduction de fenêtre qui est implanté dans MacOS depuis le système 7.5 provient d'un tableau de Bord indépendant pour le Système 6 de Robert Johnson. Double-cliquez dans la barre de titre ou cliquez le bouton de réduction [collapse box] et la fenêtre "s'enroule" dans la barre de titre. Vous pouvez toujours positionner la barre de titre n'importe où sur l'écran ; c'est une manière efficace de réduire la place occupée par les fenêtres. MacOS X a éliminé cette approche en faveur de la minimisation des fenêtres en icônes du dock. Malheureusement, l'approche de MacOS X remplit le dock rapidement, et il est souvent difficile de distinguer les différentes fenêtres miniaturisées entre elles. Mais avec WindowShade X de Unsanity, vous pouvez faire tout ce que vous faisiez sous MacOS 9 et plus. Il y a quatre façons d'invoquer WindowShade X (le bouton de minimisation, le double-clic sur la barre de titre, le contrôle double-clic sur la barre de titre et la combinaison de touches Command(/Pomme)-M), et chaque méthode peut minimiser une fenêtre dans le Dock, l'enrouler dans la barre de titre, rendre la fenêtre transparente, ou cacher l'application. Bien que vous puissiez contrôler l'opacité de la fenêtre rendue transparente, je trouve que cette dernière option est, à l'image de toutes les fonctions de transparence dans MacOS X, suprêmement gênante. WindowShade X est un shareware à 7 US$, et c'est un téléchargement de 374Ko.

http://www.unsanity.com/haxies.php

ASM & X-Assist. -- Dans MacOS X, Apple a essayé de faire un peu trop de choses avec le dock, en le faisant fonctionner comme lanceur d'applications, liste d'applications actives et autres. MacOS 9 avait éclaté ces fonctions et, en particulier, avait toujours rangé la liste des applications actives dans le menu Applications de la barre de menu. Dans Mac OS X, l'horloge et d'autres icônes de la barre de menus prennent cet emplacement, sauf à installer ASM ou X-Assist, qui tous deux repositionnent le menu Applications dans le coin supérieur droit. Dans les préférences d'ASM, vous choisissez s'il doit apparaître comme icône ou comme titre de menu, ou les deux, et combien de place ce menu doit prendre. D'autres options contrôlent l'affichage du menu ASM, notamment quelles commandes spéciales apparaissent (par exemple celle pour cacher ou montrer les applications), etc. Mais le plus important, c'est qu'ASM permet un retour à la gestion des fenêtres de MacOS 9, qui liait toutes les fenêtres d'une application ensemble, de manière à ce que le fait de cliquer sur l'une d'elles les amenait toutes en première position (cela n'est possible avec MacOS X que si vous cliquez sur l'icône de l'application sur le dock ou si vous changez de programme avec Commande-Tab). ASM permet aussi un Mode Application Seule qui masque toutes les applications autres que la courante. X-Assist copie la plupart des fonctionnalités d'ASM et en propose deux supplémentaires : la possibilité d'afficher un menu hiérarchique de fichiers, dossiers et disques (comme on peut le faire avec le menu Pomme de MacOS 9), et la gestion de plug-ins spéciaux (les exemples inclus permettent de gérer le volume du Mac et de jouer des fichiers MP3). Bien que les deux logiciels fonctionnent, plusieurs personnes ont dit qu'elles trouvaient ASM plus stable. L'auteur d'ASM Frank Vercruesse demande des dons si vous êtes satisfaits d'ASM, qui représente un téléchargement de 354 K pour la version 2.0.2 ; X-Assist est gratuit et pèse 291 K.

http://asm.vercruesse.de/
http://members.ozemail.c om.au/~pli/x-assist/

FruitMenu & Classic Menu. -- Le menu pomme a été longtemps standard dans le MacOS, et quoique Apple l'ait scrupuleusement gardé dans MacOSX, il n'est que l'ombre de son ancien moi personnalisable. Deux utilitaires, le Classic Menu de Sig Software et le FruitMenu de Unsanity rappellent le bon vieux temps. Classic Menu est le plus simple des deux. Il ne fait qu'afficher le contenu du dossier Classic Menu Items, qui se trouve dans le dossier Préférences, qui lui-même se trouve dans le dossier Bibliothèque. Peuplez-le d'alias des fichiers, dossiers et disques, et vous aurez l'équivalent de l'ancien menu Pomme quand vous cliquez sur son icône. D'autres éléments de menu utiles ajoutent des alias au dossier Classic Menu Items, ouvrent ce dossier dans le Finder, et vous laissent sélectionner un autre dossier à utiliser. Accédez au menu Pomme par défaut de MacOSX (qui a des fonctions utiles tel que Log out et Redémarrer) en cliquant juste à côté de l'icône du menu Pomme. Quoique FruitMenu fournisse les mêmes fonctionnalités que Classic Menu, il ressemble davantage aux Action Menus de Power On Software, en fournissant un tableau préférences pour l'arrangement de votre menu Pomme, et en offrant des éléments personnalisés qui ne se trouvent pas d'habitude, tel que celui qui affiche votre adresse IP actuel. En général, FruitMenu a l'air plus puissant. C'est un partagiciel qui ne coûte que 7 US$, tandis que le prix de Classic Menu est de 10 US$. Mais les deux feront l'affaire. FruitMenu est un logiciel de 481ko à télécharger. Classic Menu ne pèse que 43 K.

http://www.unsanity.com/haxies.php
http://www.sigsoftware.com/cl assicmenu/

SharePoints. -- Sous MacOS 9, vous pouviez partager n'importe quel dossier particulier que vous vouliez, et vous pouviez créer des utilisateurs et des groupes ayant accès aux différents dossiers. Cette fonctionnalité, bien que présente sous le capot de MacOS X, n'était pas facilement accessible jusqu'à la sortie de SharePoints. S'exécutant soit comme une application autonome soit comme un tableau de préférences, SharePoints vous permet de partager n'importe quel dossier donné et de créer des utilisateurs qui peuvent accéder à des dossiers partagés spécifiques mais qui ne peuvent pas y accéder via Telnet ou SSH et qui n'ont pas les répertoires principaux. Comme petit plus, SharePoints vous laisse spécifier un message personnalisé à afficher aux utilisateurs connectés. L'auteur demande des dons si vous aimez Sharepoints ; SharePoints 2.0.4 est un téléchargement de 824 K.

http://homepage.mac.com/mhorn/

Xounds. -- Bien qu'Apple n'ait fait des interfaces sonores qu'en amateur, les effets sonores pour les actions de l'interface disponibles dans le tableau de bord Apparence étaient efficaces pour apporter une dimension supplémentaire à l'utilisation de MacOS. Ceux-ci ont disparu dans MacOS X, mais Xounds d'Unsanity peut en faire réapparaître un grand nombre. Xounds offre d'importer les ensembles de sons existants (bien que l'importation d'un ensemble tierce partie et le passage aux sons de MacOS 9 ait fait que Xounds s'est arrêté de marcher jusqu'à ce que je le réinstalle), et fournit à peu près le même niveau de contrôle que vous aviez dans MacOS 9. Vous pouvez choisir de jouer des effets sonores associés à des menus, des fenêtres, des commandes, et au Finder, bien que le glisser des sons ne soit pas encore supporté. Xounds 1.1.2 est un télchargement de 384 ko ; c'est un shareware de 7 US$ qui fonctionne seulement une heure par session s'il reste non enregistré.

http://www.unsanity.com/haxies.php

Next Up. -- Gardez à l'esprit que je n'ai choisi ces utilitaires qu'en me basant simplement sur le fait qu'ils faisaient réapparaître des fonctionnalités sous MacOS X qui existaient dans une installation classique de MacOS 9. Dans les futurs épisodes de cette série, j'examinerai les utilitaires qui étendent les nouvelles fonctionnalités de MacOS X que des développeurs indépendants avaient ajouté à MacOS 9, et des utilitaires qui amènent les fondations Unix de MacOS X à la lumière d'Aqua.

La bioinformatique et le Mac

par Gideon Greenspan gdg@sigsoftware.com

Ceux d'entre nous qui s'intéressent à la science, même de façon lointaine, sont familiers de l'idée que les ordinateurs jouent un rôle central dans la compréhension de la physique et de la chimie, notamment avec le calcul massif utilisé dans des domaines comme les prédictions météorologique et la visualisation moléculaire. Cependant, depuis quelques années un nouveau champ d'action de ces calculs est apparu et a attiré l'attention des médias. On l'appelle la biologie informatisée (ou plus familièrement la bioinformatique) et il se réfère au stockage numérique, à la catégorisation et à l'analyse des données biologiques.

Si votre plus récent contact avec la biologie remonte au lycée, vous pourriez être surpris d'une telle association avec l'informatique. Bien que je l'aie toujours trouvée fascinante, je me souviens de la biologie comme assez éloignée de la rigueur des autres enseignements scientifiques. Certaines cellules faisaient comme ci, certaines autres avaient ça, et différents organismes faisaient plein de choses étranges, surtout au cours de dissections éxécutées par des élèves surexcités. Mais il semblait n'y avoir que bien peu de principes universels comparables aux équations de Newton ou au tableau périodique des éléments.

Numériser la vie. -- Grâce aux merveilles de la biologie moléculaire, de nombreux concepts fondamentaux sont maintenant connus. Un survol élémentaire fera comprendre de quoi il s'agit - gardez à l'esprit que nous traitons de la nature dans toute sa complexité, et donc que tout ce qui suit est largement simplifié.

La vie telle que nous la connaissons est encodée dans un ensemble de molécules longues appelé l'ADN, dont des copies exactes se trouvent dans chaque cellule d'un organisme vivant tel qu'un être humain. Tout ce qui se passe à l'intérieur d'un organisme peut être retrouvé dans son ADN - tout comme le disque dur d'un ordinateur. Chez les humains, chaque cellule contient 46 molécules particulières qui s'appellent des chromosomes, comparables peut-être aux partitions d'un disque dur. Vos chromosomes contiennent un mélange de renseignements copiés dans les chromosomes de vos parents, ce qui explique pourquoi vous avez hérité tant de leurs traits caractéristiques.

Une molécule ADN donnée se compose d'une série de nucléotides liés les uns aux autres, formant une chaîne qui peut s'étendre jusqu'à des millions de nucléotides. Il n'y a que quatre nucléotides possibles ; n'importe quelle molécule ADN peut donc être représentée en forme d'une séquence qui n'utilise que quatre lettres. C'est ici que la numérisation commence - l'ensemble des chromosomes pour un être humain peut être stocké dans quelques gigaoctets de mémoire (même moins après compression), et vous pouvez même en télécharger une version récente vers votre ordinateur personnel.

ftp://ncbi.nlm.nih.gov/geno mes/H_sapiens/

Suivant notre compréhension actuelle, il n'y a qu'une fraction de votre ADN qui ait une fonction - on appelle des "déchets" les 98% (à peu près) qui restent. Les fragments significatifs, qu'on appelle des gènes, sont de courtes sections distribuées irrégulièrement à travers les chromosomes (imaginez des fichiers de programme fragmentés, si vous voulez). Ils peuvent être difficiles à dénicher. A l'heure actuelle, nous avons confirmé l'existence de 15 000 gènes humains, mais les scientifiques sont loin d'être d'accord sur le nombre total - la plupart des estimations tombent autour de 30 000. Il y a même une loterie où vous pouvez tâcher de deviner vous-même.

http://www.ensembl.org/Genesweep/

Les gènes sont passionnants parce qu'à l'intérieur des cellules des mécanismes les transforment en un autre type de molécules appellées protéines. Ces protéines vont effectuer le vrai travail métabolique de l'organisme, et on peut les voir comme un programme en cours d'exécution. Une molécule de protéines contient une série d'amino-acides reliées en chaîne, comme dans une spirale d'ADN. Mais, contrairement à l'ADN, les protéines sont composées de 20 amino-acides différents et sont rarement plus "longs" que la somme de plusieurs milliers d'amino-acides. Les séquences de protéines sont aussi des données numériques que la bio-informatique traite régulièrement.

Comment ces protéines peuvent-elles faire tout le travail qui leur est assigné ? Fabriquer des cellules, transporter des matériaux, envoyer des signaux, et gérer soigneusement l'usine à énergie de chaque cellule ? Quand une protéine pénètre dans le milieu liquide d'une cellule, les protéines se plient sur elles-mêmes en une infinie variété de formes qui leur permettent de se connecter à d'autres protéines ou à d'autres molécules selon les besoins, et de déclencher toutes sortes de réactions chimiques. Essayer de déterminer quelle forme une protéine va prendre pour un travail particulier est une opération très complexe. Un concours semestriel appelé CASP (acronyme de Critical Assessment of Techniques for Protein Structure Prediction - évaluation des techniques de prédiction structurelles de protéines ) a lieu entre les groupes de recherche du monde entier, et IBM est en train de construire le plus puissant de ses super-ordinateurs pour traiter cette question, avec un taux d'élucidation espéré d'une seule protéine par année de calcul.

http://predictioncenter.llnl.gov/
http://www.research.ibm.com/blu egene/

Encore une fois, il ne s'agit que d'un résumé rapide. Si vous avez soif d'informations plus pointues sur la génétique moléculaire, le projet américain sur le génome humain [U.S. Human Genome Project] a publié un bon condensé en ligne.

http://www.ornl.go v/hgmis/publicat/primer/toc.html

Le code humain en Source libre. -- Après en avoir terminé avec le cours de biologie basique, arrêtons-nous sur la façon dont la bio-informatique s'applique au monde réel qui nous entoure. L'une des application de la bio-informatique dont vous avez certainement entendu déjà parler est le Projet sur le génome humain. Son but "tout simple" est de lire les trois milliards de nucléotides qui composent les chromosomes humains. Cela est possible par le fait que, même s'il y a des millions de points où des séquences saines de l'ADN humain peuvent différer les unes des autres, chacun d'entre nous est identique en ce qui concerne les 99,9 % des autres points. Si vous trouvez que ça fait peur (ou bien si ça vous inspire au contraire), souvenez-vous quand-même que votre ADN est à 99 % identique à celui du singe dans le zoo près de chez vous.

Les discussions sur le génome humain ont commencé en 1984, mais ce ne fût qu'à partir de 1995 que le travail commença via une collaboration internationale de laboratoires financés par des fonds publics, aux États-Unis, Grande-Bretagne, France, Japon, Allemagne et Chine. Le projet public avançait tranquillement jusqu'en 1999 lorsque Celera Genomics, une groupement privé, rejoignit le groupe de départ. Armé de nombreuses méthodes expérimentales et d'énormes moyens informatiques, Celera avait promis de dessiner un premier "brouillon" du génome dans l'année. Après pas mal de boue politique lancée de part et d'autre, un accord était trouvé et les deux groupes publièrent leurs résultats simultanément en Février 2001.

http://www.ornl.gov/hgmis/
http://www.celera.com/

Qu'est-ce que tout ça peut bien avoir à faire avec la bio-informatique  ? On a commencé à utiliser les ordinateurs pour stocker le résultat du séquençage et pour les diffuser, via Internet, parmi les chercheurs du monde entier. Cependant, le vrai problème d'algorithimique provient de la façon dont les molécules d'ADN sont lues. En biologie, il n'y a rien qui ressemble à un debugger qui vous permette de geler une cellule pour voir comment c'est à l'intérieur et tout tripatouiller à volonté. Au contraire, les scientifiques doivent imaginer une série d'expériences pour obtenir l'information voulue.

Quelle que soit la molécule d'ADN qu'on étudie, les techniques actuelles ne permettent de déterminer avec certitude que l'enchaînement des mille premiers nucléotides. On obtient de plus longues séquences en copiant la molécule et en la coupant au hasard en plus petits fragments. Chacun de ces fragments est alors lu séparément. Cependant, l'ordre des fragments est perdu et il faut donc se débrouiller pour reconstituer la séquence originale. C'est un peu comme essayer de reconstituer une encyclopédie à partir de photocopies qu'on a passé au déchiqueteur : il y a pas mal de combinaisons à essayer. Évidemment, on ne fait pas ça à la main : la reconstruction des fragments de Celera a nécessité une semaine de calcul sur une machine à 56 processeurs et 100 Go de mémoire.

Le projet du génome humain est un exemple classique d'un problème de bioinformatique. Dans la communauté scientifique, on pense que ces recherches auront de nombreuses applications. La conséquence immédiate est une accélération de la vitesse de développement des médicaments, grâce à la possibilité de cibler des gènes bien précis. On peut aussi s'attendre au développement d'une médecine personnalisée au fur et à mesure qu'on découvre des liens entre des variations du patrimoine génétique et certaines maladies/

Dans le futur, la manipulation directe de notre ADN permet d'entrevoir la possibilité de guérir certaines maladies ou de corriger certains problèmes. Il semble logique que cela engendre des problèmes éthiques, bouleversant notre définition de l'être humain. Cependant, par le biais du stockage, de la catégorisation et de l'analyse de données, la bio-informatique a au moins l'intérêt de mieux informer les personnes en charge de ces problèmes éthiques.

L'évolution des pommes. -- Mais quel est le rapport entre la bio-informatique et les Macintosh ? Les Macintosh jouent déjà un rôle significatif dans ce domaine et ne l'abandonneront pas de sitôt. La communauté scientifique compte un nombre important d'utilisateurs de Macintosh, particulièrement parmi les biologistes. Ces derniers ont en effet privilégié jusqu'à maintenant des systèmes informatiques aux capacités graphiques tout-terrain plutôt que des systèmes uniquement doués en calcul scientifique.

Cependant, les Macintosh resteront-ils longtemps les préférés des scientifiques ? Dans le long terme, il appararaît que les bio-informaticiens ont une inclinaison naturelle pour les plateformes UNIX. Premièrement, ces plateformes offrent des outils libres et fiables, particulièrement adaptés à la gestion d'importants volumes de données textuelles, comme Perl et grep. Par ailleurs, l'explosion de la bio-informatique se fait au moment où l'Internet s'établit comme le support privilégié des échanges entre scientifiques, aux alentours de l'année 1995. De ce fait, la plupart des applications de bio-informatique fonctionnent sur l'Internet, dont le protocole de communication, TCP/IP, est également au coeur d'UNIX. Une implémentation efficace et stable de TCP/IP, ainsi que l'intégration d'Apache, le serveur Web libre, fait d'UNIX le choix idéal pour assurer des services Web. Pour en savoir plus sur ce qui est possible de réaliser, consultez le site de l'American National Center for Biotechnology Information.

http://www.bioperl.org/
http://www.apache.org/
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/

L'avenir devrait être assez clair : MacOS X, qui sera bientôt le principal système d'exploitation du Mac, n'est pas seulement basé sur Unix, mais sait faire utiliser tous ses outils, y compris perl, grep, et Apache. En soi, cela ne lui confère pas automatiquement un avantage sur d'autres plate-formes Unix. Mais si l'on rajoute le fait que le Mac fournit une interface moderne et sait faire tourner des logiciels comme Microsoft Office et des butineurs modernes, il n'est pas difficile de voir pourquoi MacOS X est LE choix pour les serveurs et les ordinateurs de bureau en bio-informatique. On l'a remarqué déjà et notamment dans un article du O'Reilly Network. Et les faits tendent à le confirmer : Genentech, la société qui a commandé mille iMac (et dont le PDG est au Conseil d'Administration d'Apple), fait partie des fondateurs de la biotechnologie.

http://www .oreillynet.com/pub/a/mac/2001/12/14/macbio.html
http://www.apple.com /scitech/stories/osxporting/
http://www.genentech.com/

Un avantage supplémentaire pour les Mac est que le processeur PowerPC G4, muni de son unité de traitement Velocity Engine, est idéalpour un grand nombre de calculs en biologie. BLAST (acronyme de Basic Local Alignment Search Tool, c'est à dire Outil de recherche d'Alignement), est sans doute l'outil bio-informatique le plus utilisé à ce jour. Il permet de partir de la séquence d'une molécule d'ADN ou de protéine et de rechercher d'autres molécules connues qui pourraient lui être liées du point de vue de l'évolution ou de la fonction. Apple, à travers son Advanced Computation Group, et en collaboration avec d'autres groupes, a mis au point une version survitaminée de BLAST, qui rend un Mac G4 biprocesseur à 1 GHz jusqu'à cinq fois plus rapide qu'un PC équipé d'un processeur Pentium 4 à 2 GHz. Les recherches rapides sous BLAST sont cruciales pour les biologistes.

http://www.appl e.com/pr/library/2002/feb/07blast.html

Essayez ça chez vous. -- Il y a au moins une voie dans laquelle tous les utilisateurs Mac peuvent s'engouffrer pour s'intéresser à la biologie statistique. Développé dans le même esprit que le célèbre SETI@Home, le programme de recherche de vie extra-terrestre de l'Université de Berkeley en Californie, le projet Folding@Home vous invite à contribuer à l'effort collectif de calculer la structure moléculaire de séquences de protéines. Folding@Home existe maintenant pour OS X. Il est composé d'une application et d'un économiseur d'écran, et fournit en temps réel une vue graphique des différentes structures testées.

http://folding.stanford.edu/
http://db.tidbits.com/ getbits.acgi?tbart=05401

Cela dit, à moins que vous fassiez partie de près ou de loin du monde universitaire ou commercial de la biologie statistique, la révolution bio-informatique n'a pour le moment qu'un effet très léger sur votre quotidien. Mais ne croyez pas que ça en restera là - même si les promesses dans ce domaine sont partiellement tenues, vous verrez bientôt ses effets s'immiscer dans votre vie de tous les jours.

http://www.ornl.go v/hgmis/education/education.html
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Ed ucation/
http://dmoz .org/Science/Biology/Bioinformatics/Education/

[Dans la vie, Gideon Greenspan est d'une part l'homme derrière Sig Software, une petite boîte de partagiciels pour Mac qui développe des produits tels que Drop Drawers, Classic Menu, Email Effects et NameCleaner. D'autre part, il prépare son doctorat de bio-informatique dans le Département des Sciences et Techniques du célèbre Technion, l'institut Israélien de Technologie (qu'on appelle aussi le MIT israélien. Ndt). Il espère bien un jour assumer cette double-casquette !]

http://www.sigsoftware.com/

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